Hola , por lo que comentas no parece nada estándar que al registrar una factura se genere un fichero , imagino que será una personalización , puedes buscar en navision en conf ventas y cobros , puede que ahi veas un campo que este relleno con la ruta actual y ahí puedas cambiarla.

Espero que te sirva , ya nos contaras.

Un saludo.