Hola Alejandro,
Si un pedido tiene cantidades enviadas (en ventas) o recibidas (en compras), pendientes de factura, no lo puedes eliminar.
Pero si tiene cantidades pendientes de enviar o recibir si lo puedes eliminar, si es que ya no es un pedido válido porque lo que falta no se va a enviar o recibir. De modo que el pedido lo puedes eliminar directamente.
O puedes editarlo, y cambiar las cantidades de las líneas.
Aquellas líneas que no se van a enviar o a recibir, dejar la cantidad a 0.
Aquellas líneas que están parcialmente enviadas o recibidas, cambiar la cantidad para que sea sólo la cantidad ya enviada o ya recibida.
De este modo conservas el pedido (si es que lo quieres conservar), pero ya no tiene nada pendiente.
Un saludo,
Cristina Nicolàs