Si, sin duda lo ralentiza.
El registro de una factura ahora tendrá que registrar la factura en si + la variación de existencias.
Y lo mismo para cualquier otro proceso de registro que involucre productos.

Otra cosa es si lo ralentiza lo suficiente como para descartarlo…

La verdad es que siempre que he tratado con empresas españolas, lo tienen desmarcado y hacen el asiento de variación de existencias a posteriori con el report 1002 o de forma completamente manual.
Pero cuando he tratado con empresas europeas o americanas, siempre lo he visto marcado.

Ahora mismo estoy trabajando en una implementación holandesa en la que se registran 1500 facturas al día, y tenemos la variación de existencias en automático y el tiempo de registro no nos está generando ningún problema.

Un saludo,
Cristina Nicolàs