Hola,
No hace falta que generes mas lineas.
Para poder facturar dos facturas con solo una linea de albarán, lo que debes de hacer es a la hora de facturar indicar la cantidad que vas a facturar. Ese campo lo encuentras en la misma linea de pedido. Primero debes facturar una y luego la otra. Si no lo ves es por que quizás tienes oculto ese campo, simplemente debes hacerlo visible a través de elegir columnas.
Saludos