Yoselin,
Tienes distintas opciones. Si lo que quieres es atacar a la GL Entry directamente deberias crear una query o una API query en BC que te devuelva solo las columnas que necesitas de la tabla y luego hacer un Anexar de las distintas empresas (Solucion muy rigida porque cada vez que quieras añadir o excluir una empresa deberás modificar el BI)

Una segunda opción es utilizar el endpoint company o companies dependiendo de si atacas por API o por Odata, filtrar las empresas que quieres ver y desplegar el web service o API de la GL entry. En este modo seria aconsejable extender la tabla Info Empresas con un campo que te indicara si la empresa ha de estar visible en BI o no y en el BI deberias filtrar las empresas que tienen el check de visible en BI activo.
Y por ultimo, podrías atacar directamente al web service que devuelve los esquemas de cuentas (ahora informes financieros) que estén parametrizados para explotar por WS en la pagina 197. Tienes la limitación que solo puedes traerte el año en curso y los tres anteriores pero con todos los cálculos del esquema ya realizados.

Espero que te sirva