No sé qué está pasando porque no me he encontrado con este problema.

A parte de desinstalar las extensiones, has probado a despublicarlas también?
Aunque estén despublicadas, mientras no ejecutes la sincronización de la BBDD no se eliminarán los datos, de modo que después podrías volver a publicar e instalar y mantener los datos.

No lo sé, yo supongo que empezaría a indagar por aquí por probar algo.

Un saludo,
Cristina Nicolàs