Bueno, pues ya sabemos cuál es el problema, pero no por qué ocurre. Resulta que hay ciertas claves de las tablas de NAV que no se han creado en SQL. No siguen ninguna regla ni sabemos todas las afectadas, pero si que en nuestra copia de preproducción si se crearon y en la copia de producción del cliente no. La solución consiste en eliminar las claves en las tablas de NAV, guardar compilando, volver a crearlas y guardar de nuevo. No vale guardar, ni compilar desde el Object Designer, ni sincronizar esquemas, ni crear objetos aplicación servidor ni nada, hay que hacer esto para que SQL las genere.