Hola ago,

En los documentos a cobrar, siempre va todo el importe pendiente del efecto.

A medida que registras pagos contra el efecto, el importe en los docuemntos a cobrar se va reduciendo.

Si lo tienes que añadir en una remesa por un importe parcial, primero tienes que partir el efecto en 2.
Está explicado en éste artículo del blog: Tutorial: Cómo dividir un efecto en dos en Dynamics NAV.

Salut!
Laura Nicolàs