Hola,
Si no me equivoco, el proceso funciona así:
En la configuración de compras y pagos hay un campo llamado Permitir diferencia de IVA. Este campo tendría que estar marcado. Después en la configuración de contabilidad, hay otro campo llamado máxima dif Iva permitida o algo así. Allí le indicas los decimales (por ejemplo 0,02)
Cuando tengas una factura que te descuadra de un decimal, entra en las Estadísticas y en el campo de Cuota de Iva, puedes restar o sumar los céntimos que te descuadren, siempre y cuando no sean mayores que los que has indicado en la conf de contabilidad.
Espero haberte ayudado.
Saludos