Hola ago,

La configuración recomendada depende de la empresa.

Si los descuentos están más o menos fijados en las fichas de los clientes y los proveedores, yo lo marcaría para que los descuentos se calculen siempre automáticamente.

Si los descuentos no están fijados, sino que tienes la necesidad de ponerlos manualmente en un documento, entonces no te queda otra que dejarlo desmarcado.

Un saludo,
Cristina Nicolàs