Hola Mar,

Si, en esta versión de NAV si que se consumían dos licencias cuando un usuario abría 2 veces NAV.

Si quieres hacer el desarrollo que comentas, puedes utilizar la función CompanyOpen() que existe en la codeunit 1.
Lo que no recuerdo exactamente es como saber si el usuario tiene otra sesión activa. En NAV2013 introdujeron una tabla de sistema llamada Session donde se pueden consultar las sesiones de un usuario, pero en NAV2009 no recuerdo donde se guardaban.

Un saludo,
Cristina Nicolàs