Buenos días,
Sólo contaros que he podido solucionar el problema y las dos versiones de Nav 2013 y 2017 ya están funcionando en el mismo servidor sin problemas.

Durante la instalación de la versión 2013, cambié todos puertos tipo 704x a 804x, pero por error olvidé cambiar el puerto del Management Services que se quedó en 7045, el mismo valor que para la versión 2017 y claro, ahí estaba el conflicto.

Saludos.