Hola,

Desde versiones recientes hay un comando STARTSESSION (o algo parecido, ahora no lo recuerdo de memoria), que permite iniciar una sesión en otra empresa y ejecutar algo).
Es una buena opción para esto que pides de registrar en otra empresa. Yo lo he utilizado en alguna ocasión.
Lo único es que este comando inicia una sesión sin interfaz de usuario. Es una sesión en background.

Otra opción que también he utilizado recientemente cuando he tenido que registrar en una empresa distinta a la que se encuentra el usuario es utilizar la funcionalidad de registro de fondo que existe tanto en las compras como en las ventas. Si la activas y la pruebas, verás que el registro de fondo lo que hace es crear un registro en la cola de proyectos y dejar que sea la cola de proyectos la que haga el registro.
Basándome en esto, desde la empresa A creo un registro en la cola de proyectos de la empresa B, con las mismas opciones y todo igual como lo crea el registro de fondo.

Espero que te sirva la información.

Un saludo,
Cristina Nicolàs