Hola,

Pues en realidad no es ni una cosa ni la otra.

El compilador de NAV lo que hace es traducir C/AL a C#.
Después, el código C# es compilado y eso es lo que acaba realmente ejecutando Navision.

El código fuente se almacena dentro de la base de datos, en la tabla 2000000071 Object Metadata. En esta tabla se guarda tanto nuestro código C/AL como su traducción a C#.

Si quieres profundizar más en el tema, te recomiendo este artículo:
http://vjeko.com/from-cal-to-executable-how-nav-runs-your-cal-code/

Un saludo,
Cristina Nicolàs