Hola,

Si, es completamente factible tener parte de los desarrollos en C/SIDE y parte en Extensiones.

Lo único que tienes que tener en cuenta es que cuando hagas alguna modificación en C/SIDE, tendrás que regenerar los símbolos, y desde Visual Studio Code tendrás que descargarlos de nuevo. Así, al regenerar los símbolos, éstos contendrán todo lo que haya en C/SIDE (el estándar + tus desarrollos).

Te paso un enlace donde explica cómo se tiene que hacer:
https://docs.microsoft.com/en-us/dynamics365/business-central/dev-itpro/developer/devenv-running-cside-and-al-side-by-side

En breve grabaremos un video también explicando cómo se tiene que hacer.

Un saludo,
Cristina Nicolàs