Hola Jon,

No lo he probado pero estoy casi segura que si.
Más que nada porque las tablas que se crean en el SQL tienen el Id de la extensión en el nombre de la tabla.
Si cambias el Id, se crearán nuevas tablas porque el sistema entenderá que es una nueva extensión y no tendrás acceso a los datos que tienes de la extensión antigua.

Si no quieres perder los datos de la extensión en otras tablas, pero aún así poder hacer un cambio en el esquema de la tabla a la que le quieres cambiar la clave primaria, te tocará gestionar los cambios a través de una codeunit de upgrade.

Un saludo,
Cristina Nicolàs