Hola,

Efectivamente es así. La funcionalidad de Cartera sólo tiene en cuenta facturas y efectos, pero no abonos.
Los abonos habría que liquidarlos previamente contra facturas, para disminuir el importe pendiente de estas y que así no se pague el total de la factura, sino habiéndole restado el importe del abono. Pero esto es algo que hay que hacer previamente, bien liquidando el abono en el proceso de registro, bien liquidándolo a posteriori en los movimientos del proveedor.

En el curso Curso Gestión de Pagos explicamos esta circumstancia y como hay que hacer las liquidaciones.
En especial en la Lección 5. Orden de Pago destacamos el hecho que los abonos no van a Cartera, y en la Lección 4. Liquidación de mov. de proveedor explicamos como hacer liquidaciones de proveedor desde los movimientos de proveedor, y también como hacerlo desde el abono.

Un saludo,
Cristina Nicolàs