Hola Carlos,

Tendrías que ir a los movimientos de proveedor, y liquidarlos allí.
Hacer las liquidaciones uno a uno (de una factura contra un pago), puede ser muy tedioso. Pero puedes probar a seleccionar un pago, ir a liquidar, y al liquidar, seleccionar que se liquide contra todos estos movimientos que comentas de años anteriores. Todos, todas las facturas, todos los pagos, todo todo todo.
Aunque no te ahorras de tenerlo que hacer una vez por cada proveedor por lo menos.

De todas maneras, nunca lo he hecho, así que te aconsejo que primero hagas una prueba en una empresa de pruebas para ver como funciona y comprobar si efectivamente se liquida todo y como queda.

Un saludo,
Cristina Nicolàs