Buenas,
No termino de entender la pregunta al hacer referencia a las líneas de diario, ya que en las líneas podría meter la información, cuentas, aplicaciones de tasas (IVA) que quisiera.
Si la pregunta es como hacerlo al registrar una factura de venta, la respuesta es que igual que en la versión 5.0, desde “Config. de Ventas y Cobros” puede marcar la opción “Registro dto. factura” y/o “Registro dto línea”, esto conjugado con la configuración de las cuentas que tenga puestas en la Configuración de Grupos Contables, hará que el Descuento no minore el ingreso y se registre en esas cuentas.
Espero haberle ayudado.