Sin ningún problema, en cada activo podrás configurar x libros de amortización y llevar las mismas de forma paralela.
Evidentemente solo uno de ellos podrás integrarlo con contabilidad.
Desde Libros de Amortización crea los dos y desde la ficha de los activos créale dos «líneas» una por cada libro, en cada una de ellas podrás configurarles tipo de amortización, %,….. o aplicar una libre amortización.
Un saludo,