Hola,
Creo recordar que si se tiene la licencia de desarrollo cargada, permite borrar documentos registrados. Hay que tener mucho cuidado con este tema porque, como dice Sergio, nunca se deben borrar facturas resgistradas. En el caso de tener la licencia de desarrollo cargada, se debería deshabilitar la propiedad delete en los formularios correspondientes (si la memoria no me engaña, tanto lista como ficha).
Para solventar el error de que la “factura ya existe” se me ocurren un par de cosas… la primera que revises el contador de la serie, a ver si se quedó con el número. La otra es revisar todas las tablas relacionadas en el proceso de registro de una factura: 17, 21/25, 254, 379/380, 112/113/…, 5802, etc. a ver si tienes el número de documento en ellas. Y por último, realizar los ajustes contables pertinentes.
Mi humilde ayuda, espero que algo te sea de ayuda.