Buenas noches:
Pues depende de como quieres que quede la situación:
a) Que parezca que no ha ocurrido nada, existe la posibilidad de ir a contabilidad y darle a revertir asiento, esto hace automáticamente una anulación del asiento poniendo los importes en negativo. E imagino que desliquidará la factura dejandola pendiente.
b) Que el pago quede en la cuenta del proveedor pero la factura siga pendiente, en este caso entras en los movimientos del proveedor, buscas la factura liquidada y se le da a desliquidar, quedando pendiente de liquidación ambos movimientos en la cuenta del proveedor, pero la contabilidad no se mueve.
c) Que parezca que no ha ocurrido nada pero haciendo los asientos contables manualmente, sería un mix de los anteriores. Se desliquidaría la factura liquidada, quedando la factura pendiente de pago y el pago pendiente de liquidar en la cuenta del proveedor, y luego por diario se haría el asiento contrario y se seleccionaría en los movimientos del proveedor el movimiento del pago registrado y al registrar, se liquidaría el movimiento del pago en los movimientos del proveedor y en contabilidad el anula el asiento. Y quedará pendiente de pago la factura.
Saludos,