Hola Dani,
Comentas que registras un abono y éste además registra también un Pago que liquida el abono. Es así?
Si es esto lo que está pasando, supongo que debe ser por la forma de pago, que debe estar configurada para que registre el pago.
En una de las dos primeras lecciones del curso, en la que se habla de las formas de pago, se explica esta configuración, y se ve donde va a parar el dinero (que dependerá de la configuración de la forma de pago: puede ir a un banco o a una cuenta contable).
Lo más habitual, pero, es utilizar formas de pago que no registren el pago, de modo que el abono quedaría pendiente y lo podríamos pagar manualmente cuando lo consideráramos, o lo podríamos liquidar contra una factura y no hacer transacción monetaria.
Un saludo,
Cristina Nicolàs